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丁蓓教授

電子郵件:[email protected];課題組網(wǎng)站:https://www.x-mol.com/groups/bei_ding/

  • 教育背景

    2005-2009:北京大學化學與分子工程學院 ,化學,學士

    2009-2014:美國密西根大學,電氣工程(光學方向),碩士; 物理化學,博士

  • 工作經(jīng)歷

    2014-2017:美國賓夕法尼亞大學,博士后

    2017-至今:上海交通大學化學化工學院,特別研究員,博士生導師(物理化學和生物化學方向)

  • 研究方向

    1) 含黃素輔基的光敏蛋白動力學機理研究

    含黃素輔基的蛋白質在自然界有廣泛的分布并展現(xiàn)了多樣的功能。課題組結合分子生物學和超快光譜學手段研究此類蛋白的分子機理。目前課題組開展的課題包括:1. 解析藍光光受體蛋白BLUF域的光化學和異構化過程,理解其生物功能。2. 結合非平衡態(tài)電子轉移理論,研究黃素氧化還原蛋白的光致電子轉移過程。3. 解析光解酶光致還原機理和修復損傷DNA機理。

    2) 疾病相關淀粉樣蛋白聚集動力學研究

    淀粉樣蛋白的聚集和多種退神經(jīng)性疾病例如阿茲海默癥、漸凍癥、帕金森癥密切相關。課題組結合非天然氨基酸修飾和紅外光譜,研究淀粉樣蛋白片段特定位點的聚集動力學。目前課題組研究的體系是與漸凍癥相關的SOD 1蛋白片段和與糖尿病相關的胰淀素蛋白片段。

  • 科研項目

    在研:

    科技部重點研發(fā)計劃青年項目首席

    國家自然科學基金面上項目

    國家自然科學基金青年項目


    已結題:

    上??莆皳P帆計劃”項目(2017-2020)

    上海教委“晨光計劃”項目(2017-2020)

  • 代表性論文專著

    14) Kang, X.W.#, Chen, Z.#, Zhou, Z., Zhou, Y., Tang, S., Zhang, Y., Zhang, T., Ding, B.* and Zhong, D.*, Direct Observation of Ultrafast Proton Rocking in the BLUF Domain. Angewandte Chemie International Edition. 2021. https://doi.org/10.1002/anie.202114423 (pre-print) (#co-first author, *corresponding authors)


    13) Yang, J., Zhang, Y., He, T.F., Lu, Y., Wang, L., Ding, B.* and Zhong, D.*, Ultrafast nonequilibrium dynamics of short-range protein electron transfer in flavodoxin. Physical Chemistry Chemical Physics. 2022, 24, 382-391. 
    https://doi.org/10.1039/D1CP04445A (*corresponding authors)


    12) Zhang, Q., Wang, B., Zhang, Y., Yang, J., Deng, B., Ding, B.* and Zhong, D.*, 2021. Probing Intermolecular Interactions of Amyloidogenic Fragments of SOD1 by Site-Specific Tryptophan and Its Noncanonical Derivative. The Journal of Physical Chemistry B. 2021, 125, 48, 13088–13098. 
    https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c07175 (*corresponding authors)

     

     

    Before Joining Shanghai Jiao Tong University

    11) Ding, B., Yang, L., Mukherjee, D., Chen, J., Gao, Y., Gai, F. Microscopic Insight into the Protein Denaturation Action of Urea and Its Methyl Derivatives. J. Phys. Chem. Lett. 2018, 9, 1–12. 


    10) Hilaire, M. R.#, Ding, B. #, Mukherjee, D. #, Chen, J., Gai, F. Possible Existence of α-Sheets in the Amyloid Fibrils Formed by a TTR 105–115 Mutant. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140 (2), 629–635. (#co-first author)

    9) Ding, B., Mukherjee, D., Chen, J., Gai, F. Do Guanidinium and Tetrapropylammonium Ions Specifically Interact with Aromatic Amino Acid Sidechains?  Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.  2017, 114, 1003-1008

     

    8) Ding, B., Hilaire, M. R., Gai, F. Infrared and Fluorescence Assessment of Protein Folding and Functional Dynamics. J. Phys. Chem. B (Feature Article), 2016, 120, 5103-5113

     

    7) Ding, B., Jasensky, J., Li, Y., Chen, Z. Engineering and Characterization of Peptides and Proteins at Surfaces and Interfaces: A Case Study in Surface-Sensitive Vibrational Spectroscopy. Acc. Chem. Res. 2016, 49, 1149-1157

     

    6) Ding, B., Panahi, A., Ho, J. J., Laaser, J. E., Brooks, C. L., Zanni, M. T., Chen, Z. Probing Site-Specific Structural Information of Peptides at Model Membrane Interface in Situ. J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 10190-10198

     

    5) Ding, B., Tesmer, J., Chen, Z. Unveiling the Membrane-Binding Properties of N-terminal and C-terminal Regions of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 by Combined Optical Spectroscopies. Langmuir 2013, 30, 823-831

     

    4) Ding, B., Laaser J. E., Liu Y., Wang P., Zanni M. T., Chen, Z. Site-specific Orientation Determination of an α-helical Peptide Ovispirin-1 from Isotope labeled Sum Frequency Generation. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 14625-14634

     

    3) Ding, B., Soblosky L., Nuygen, K., Geng J., Yu X., Ramamoorthy A., Chen, Z. Physiologically-Relevant Modes of Membrane Interactions by the Human Antimicrobial Peptide, LL-37, Revealed by SFG Experiments. Sci. Rep. 2013, 3, 1854

     

    2) Ding, B., Chen, Z. Molecular Interactions between a Cell Penetrating Peptide Pep-1 and Model Cell Membranes. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 2545-2552

     

    1) Ding, B., Washington, V., Dunietz, B. D. On the Conditions for Enhanced Transport Through Molecular Junctions Based on Metal Centers Ligated by Pyridazino-derived Ligands. Mol. Phys. 2010, 108, 2591-2599

     


  • 榮譽獎勵

    2013年 美國密西根大學Barbour Scholarship

    2012年 美國密西根大學Rackham International Research Fellowship

    2008年 北京大學莙政學者

  • 人才需求

    課題組有以下職位開放:

    一、博士后

    要求:對本組科研方向有一定興趣,有物理化學、結構生物學、生物化學、光學博士學位的優(yōu)先。請將個人簡歷發(fā)至PI郵箱。

    待遇:按照上海交通大學博士后待遇標準從高發(fā)放。

     

    二、博士生和碩士生

    要求:本組從事學科交叉研究,科研氛圍濃厚,但要學的東西多,出活慢。需要申請者對科研本身充滿熱情。有意請將個人簡歷和成績單發(fā)到PI郵箱詢問是否有名額。正式確定接收之前會邀請來實驗室參觀交流。

     

    三、科研助理

    需要有本科或碩士學歷。要求認真負責,對科研工作有一定興趣。

    待遇:按照上海交通大學科研助理待遇標準從高發(fā)放。

     

    四、本科生

    要求:對科研本身充滿好奇,愿意探索自己的感興趣的方向,歡迎交大化學、物理、生物、計算機等專業(yè)的本科生加入。

     

    本組的本科生項目一覽:

    鄧博丹、董博:致遠學者計劃 在研

    黃久龍、任若彤、王楷霖:大創(chuàng)計劃 在研

    唐思危:莙政學者計劃 結題

    黃久龍:PRP 結題

    張?zhí)煲唬捍髣?chuàng)計劃 結題

    李欣然、李潤晗:PRP 結題

    董博、鄧博丹:PRP 結題 優(yōu)秀

    唐思危、潘璐穎:PRP 結題


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